清廷对上年因病休致、当年4月才返回故里的林则徐寄予厚望，希望在他的统领之下，能够迅速扭转广西的局面，并竟然不顾他的病情，催促其“兼程驰赴”，并接二连三地下达了一系列谕令。面对危难的时局，林则徐义无反顾，再一次承担起重任。他于11月1日接奉谕旨后，5日即由福州原籍“力疾登程”；15日，行至闽粤交界的诏安，“因沿途劳顿，又发脾泄旧症，每日泄泻至二十余次，犹勉强兼程前进”。但行至离潮州不远的普宁县城，他终于无力再行。1850年11月22日辰时，这位伟大的爱国者于广东普宁逝世，临殁时曾高呼“星斗南”。此时，距他由福州起程仅17天。
12月15日，清廷获悉林则徐逝世，对此“殊深悼惜”，“著加恩晋加太子太傅衔，照总督例赐恤，历任一切处分悉予开复”。同时，清廷召起前两江总督李星沅为钦差大臣，以前漕运总督周天爵署广西巡抚。
早在11月中，广西各有关州县已得悉金田等处拜上帝人马公然揭帜造反的情报。12月8日，广西巡抚郑祖琛等据此向清廷奏报了金田等处“匪徒纠聚”的情形，并奏称：“桂平、平南、郁林均属连界，防其串合纠结，臣郑祖琛现将梧州随营兵勇调派五百名，饬令署抚标中军参将成安督带，驰赴平南一带，相机剿捕。”这是金田起义的信息第一次出现于清朝大吏的奏报之中。但直到此时，清朝官员尚不知道这是与天地会造反截然不同的拜上帝会起义，甚至完全不清楚起义领袖是些什么样的人，当然更不可能预见到这些“纠聚”的“匪徒”行将成为大清王朝的劲敌。