他暗地里接受贿赂，表面上却做得执法严明。朝中官员虽对阿合马的行为了如指掌，但忽必烈对阿合马非常信任，一般人根本不敢站出来揭发。值宿禁卫的秦长卿上书揭发了阿合马的罪行，结果不久就被阿合马治罪，关进了大牢，在监狱里被人害死了。
在阿合马恃宠专权期间，许衡、廉希宪、张文谦等一大批儒臣对阿合马的行为甚感不满，一直在与阿合马做激烈的较量和斗争，支持他们的还有受儒学影响极深的皇太子真金和蒙古勋贵。
公元1282年三月，皇太子真金随忽必烈到上都。一个叫王著的益州千户闻讯后，秘密打造了一把大铜锤，并联合自称有障眼法的妖僧高和尚密谋。两人乘夜进入京城，假称皇太子要回京师参加佛事，到了中书省。
进入中书省后，王著便骑马去见阿合马。并在阿合马面前诈称太子马上就到，要求中书省所有官员到东宫前等候。
阿合马信以为真，立刻派遣右司郎中脱欢察儿等人骑马出关迎接。阿合马的部下往北走了十几里路，并没有见到太子的身影，反而被王著的人拦了下来。
王著见时机成熟，便命人伪装成太子和太子的随从，并责备阿合马的部下无礼，把他们全都杀了，还夺了他们的马匹，往南进入健德门。
